Одна из старейших непрерывно действующих церквей в мире. Первый храм над пещерой Рождества был построен в 330-х годах по указанию императора Константина Великого. Его освящение состоялось 31 мая 339 года и с тех пор богослужения здесь практически не прерывались. Современная базилика VI—VII вв. — это единственный христианский храм в Палестине, сохранившийся в целости с домусульманского периода.
29 июня 2012 года на 36 сессии Комитета Всемирного наследия ЮНЕСКО, проходившей в Санкт-Петербурге, базилика была внесена в Список всемирного наследия.
Церковь находится в совместном управлении Иерусалимской православной церкви, Армянской апостольской церкви и Римско-католической церкви. Все три христианские церкви имеют при базилике свои монашеские общины, здание православного монастыря примыкает к юго-восточной части базилики, армянский монастырь находится на юго-западной стороне, католический (орден францисканцев) — на северо-западной.